Os primeiros habitantes da localidade onde hoje situa-se a cidade de Maiquinique foram os índios. O povoado de Maiquinique começou a surgir a partir dos anos de 1930, sendo oficialmente fundado em 20 de janeiro de 1935 por Francisco Martins de Almeida. O seu território originou-se da propriedade de Permínio Melo Flores que possuía no local um armazém e uma hospedaria que abrigava viajantes, tropeiros e boiadeiros naquele tempo. Esta mesma propriedade acabou sendo vendida ao Sr. Aleixo Pereira Passos, que doou quatro alqueires a Francisco Martins de Almeida visionário que incentivou a criação de um pequeno arraial cujo nome "Maiquinique" é devido ao rio que banha a região.

Em 1934 só havia em Maiquinique como via de circulação das pessoas uma velha estrada onde também era muito comum os boiadeiros passarem conduzindo a boiada. Permínio e família morava à beira dessa mesma estrada, onde havia uma casa e um barracão que hospedava os viajantes, também se encontrava no local uma venda e uma pequena loja. Daí então, como Francisco Martins tinha o desejo de formar nessa localidade um pequeno povoado e que consequentemente pudesse se tornar uma cidade. Foram reunidos alguns homens que fizeram um mutirão e criaram uma abertura com a roçagem da área. Participaram desse momento histórico os senhores: Maçu Gato, Anízio Bonifácio, Simião Magro, Marciano Rocha, João Porto, Jacinto Filho, Alvino Chaves, José Furtuoso, João de Inácio, Francisco José dos Santos, entre outros.

Na ausência de recursos para fazer tijolos e a dificuldade de obter cimento, os moradores começaram a erguer suas casas com paredes de enchimento e cobertura de palha. As primeiras casas foram construídas em torno do que é hoje a Praça Lomanto Júnior (a primeira feira livre também funcionava no mesmo local). Em 1936 havia sido feita escritura do povoado, sendo registrada na prefeitura da cidade de Macarani. A partir então, Maiquinique tornou-se povoado pertencente ao município de Macarani. Após o surgimento do povoado, deu-se a doação de terras pertencidas ao senhor Francisco Martins de Almeida e sua esposa Felismina Alves Martins, no dia 23 de abril de 1946, tendo como donatário a Prefeitura Municipal de Macarani. Entre as décadas de 1940 e 1950 Maiquinique começava crescer e já era possível observar o surgimento de várias casas na localidade. As primeiras ruas nasceram em torno da Praça Lomanto Júnior, foram elas: Rua Francisco Martins, Rua Tertulino Silveira Lima, Rua 7 de Setembro, Rua 16 de Julho e a Ruy Barbosa.

Em 1953 Maiquinique sobe de categoria, deixa de ser povoado e passa a ser distrito de Macarani.

Maiquinique veio a ser emancipada após 27 anos de sua fundação, em 16 de Julho de 1962 pelo decreto do ex-governador do estado da Bahia, Juracy Magalhães, elevando Maiquinique a categoria de município, criado com território desmembrado do município de Macarani, por força da Lei Estadual nº 1.718, de 16.07.1961, passando a ser Comarca de Macarani.

Em 18 de abril de 1969, o então prefeito de Maiquinique, Nelson José de Oliveira adquiriu dez hectares de terras pertencidas a Alfírio Alves Ferreira, onde foi instalado o distrito de Pouso Alegre, pertencente ao município. A sede de Maiquinique atualmente limita-se ao nascente com a propriedade de Beline Santos e Lourival Oliveira, ao poente com a propriedade de Adauto Meira, ao norte com o Rio Maiquinique, e, ao sul com propriedade de Lourival Oliveira e Nadir Alves.